Prints a concise summary of an imugap_fit object, including the location
hierarchy dimensions, observation counts, and MCMC parameter summaries for all
non-offset parameters.
Usage
# S3 method for class 'imugap_fit'
print(x, pars = NULL, ...)Examples
data("fit_sim", package = "imuGAP")
print(fit_sim)
#> An imuGAP model fit (`imugap_fit`):
#> Hierarchy: 28 locations across 3 layers (root: 'State')
#> Observations: 841 total (775 uncensored, 66 right-censored)
#>
#> Inference for Stan model: bspline_static_zero_halley2_logit.
#> 4 chains, each with iter=125; warmup=0; thin=1;
#> post-warmup draws per chain=125, total post-warmup draws=500.
#>
#> mean se_mean sd 2.5% 25% 50% 75%
#> beta_bs[1] -1.64 0.00 0.03 -1.71 -1.66 -1.64 -1.62
#> beta_bs[2] -1.84 0.00 0.05 -1.95 -1.88 -1.84 -1.80
#> beta_bs[3] -2.44 0.00 0.09 -2.62 -2.50 -2.44 -2.38
#> beta_bs[4] -3.09 0.00 0.10 -3.30 -3.16 -3.09 -3.03
#> beta_bs[5] -2.56 0.00 0.09 -2.73 -2.62 -2.56 -2.49
#> sigma_layer[1] 0.65 0.01 0.32 0.24 0.39 0.57 0.82
#> sigma_layer[2] 0.84 0.01 0.16 0.59 0.72 0.81 0.92
#> lambda_raw[1] 1.04 0.00 0.03 0.99 1.02 1.04 1.06
#> lambda_raw[2] 1.03 0.00 0.01 1.01 1.02 1.03 1.04
#> raw_phi_root[1] -1.64 0.00 0.03 -1.71 -1.66 -1.64 -1.62
#> raw_phi_root[2] -1.68 0.00 0.02 -1.74 -1.70 -1.68 -1.67
#> raw_phi_root[3] -1.73 0.00 0.02 -1.78 -1.74 -1.73 -1.71
#> raw_phi_root[4] -1.78 0.00 0.02 -1.82 -1.79 -1.78 -1.76
#> raw_phi_root[5] -1.83 0.00 0.02 -1.88 -1.84 -1.83 -1.81
#> raw_phi_root[6] -1.88 0.00 0.03 -1.93 -1.90 -1.88 -1.86
#> raw_phi_root[7] -1.93 0.00 0.03 -1.98 -1.95 -1.93 -1.92
#> raw_phi_root[8] -1.99 0.00 0.03 -2.04 -2.01 -1.99 -1.97
#> raw_phi_root[9] -2.05 0.00 0.03 -2.10 -2.06 -2.05 -2.03
#> raw_phi_root[10] -2.11 0.00 0.03 -2.16 -2.12 -2.11 -2.09
#> raw_phi_root[11] -2.17 0.00 0.03 -2.22 -2.19 -2.17 -2.15
#> raw_phi_root[12] -2.23 0.00 0.03 -2.29 -2.25 -2.23 -2.21
#> raw_phi_root[13] -2.29 0.00 0.03 -2.35 -2.31 -2.29 -2.27
#> raw_phi_root[14] -2.36 0.00 0.03 -2.42 -2.38 -2.36 -2.33
#> raw_phi_root[15] -2.42 0.00 0.03 -2.49 -2.44 -2.42 -2.40
#> raw_phi_root[16] -2.49 0.00 0.03 -2.56 -2.51 -2.49 -2.46
#> raw_phi_root[17] -2.55 0.00 0.04 -2.62 -2.57 -2.55 -2.53
#> raw_phi_root[18] -2.61 0.00 0.04 -2.69 -2.64 -2.61 -2.59
#> raw_phi_root[19] -2.67 0.00 0.04 -2.75 -2.70 -2.67 -2.64
#> raw_phi_root[20] -2.72 0.00 0.04 -2.81 -2.75 -2.72 -2.69
#> raw_phi_root[21] -2.77 0.00 0.05 -2.86 -2.80 -2.77 -2.74
#> raw_phi_root[22] -2.80 0.00 0.05 -2.90 -2.84 -2.80 -2.77
#> raw_phi_root[23] -2.83 0.00 0.05 -2.93 -2.86 -2.83 -2.79
#> raw_phi_root[24] -2.84 0.00 0.05 -2.94 -2.87 -2.84 -2.81
#> raw_phi_root[25] -2.84 0.00 0.05 -2.94 -2.87 -2.84 -2.81
#> raw_phi_root[26] -2.82 0.00 0.05 -2.92 -2.85 -2.82 -2.79
#> raw_phi_root[27] -2.79 0.00 0.05 -2.89 -2.82 -2.79 -2.76
#> raw_phi_root[28] -2.73 0.00 0.05 -2.84 -2.77 -2.73 -2.69
#> raw_phi_root[29] -2.66 0.00 0.07 -2.79 -2.70 -2.65 -2.61
#> raw_phi_root[30] -2.56 0.00 0.09 -2.73 -2.62 -2.56 -2.49
#> mu_offset[1,1] -0.04 0.00 0.00 -0.04 -0.04 -0.04 -0.03
#> mu_offset[1,2] -0.11 0.00 0.02 -0.15 -0.12 -0.11 -0.10
#> mu_offset[1,3] -0.21 0.00 0.03 -0.29 -0.23 -0.21 -0.19
#> mu_offset[1,4] -0.21 0.00 0.06 -0.37 -0.24 -0.20 -0.17
#> mu_offset[2,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.04 -0.04 -0.03
#> mu_offset[2,2] -0.11 0.00 0.02 -0.15 -0.12 -0.11 -0.10
#> mu_offset[2,3] -0.22 0.00 0.03 -0.29 -0.24 -0.21 -0.20
#> mu_offset[2,4] -0.21 0.00 0.06 -0.37 -0.25 -0.20 -0.17
#> mu_offset[3,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.04 -0.04 -0.04
#> mu_offset[3,2] -0.12 0.00 0.02 -0.15 -0.13 -0.11 -0.11
#> mu_offset[3,3] -0.22 0.00 0.03 -0.30 -0.24 -0.22 -0.20
#> mu_offset[3,4] -0.21 0.00 0.06 -0.37 -0.25 -0.20 -0.17
#> mu_offset[4,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.04 -0.04 -0.04
#> mu_offset[4,2] -0.12 0.00 0.02 -0.15 -0.13 -0.12 -0.11
#> mu_offset[4,3] -0.23 0.00 0.03 -0.31 -0.25 -0.23 -0.21
#> mu_offset[4,4] -0.22 0.00 0.06 -0.37 -0.25 -0.21 -0.17
#> mu_offset[5,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.04 -0.04 -0.04
#> mu_offset[5,2] -0.12 0.00 0.02 -0.15 -0.13 -0.12 -0.11
#> mu_offset[5,3] -0.24 0.00 0.03 -0.31 -0.26 -0.23 -0.22
#> mu_offset[5,4] -0.22 0.00 0.07 -0.37 -0.25 -0.21 -0.17
#> mu_offset[6,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.04 -0.04 -0.04
#> mu_offset[6,2] -0.12 0.00 0.02 -0.16 -0.13 -0.12 -0.11
#> mu_offset[6,3] -0.25 0.00 0.03 -0.32 -0.26 -0.24 -0.22
#> mu_offset[6,4] -0.22 0.00 0.07 -0.38 -0.25 -0.21 -0.17
#> mu_offset[7,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.04 -0.04 -0.04
#> mu_offset[7,2] -0.12 0.00 0.02 -0.16 -0.13 -0.12 -0.11
#> mu_offset[7,3] -0.25 0.00 0.03 -0.33 -0.27 -0.25 -0.23
#> mu_offset[7,4] -0.22 0.00 0.07 -0.38 -0.25 -0.21 -0.17
#> mu_offset[8,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.04 -0.04 -0.04
#> mu_offset[8,2] -0.13 0.00 0.02 -0.16 -0.14 -0.12 -0.11
#> mu_offset[8,3] -0.26 0.00 0.03 -0.34 -0.28 -0.26 -0.24
#> mu_offset[8,4] -0.22 0.00 0.07 -0.38 -0.25 -0.21 -0.18
#> mu_offset[9,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.05 -0.04 -0.04
#> mu_offset[9,2] -0.13 0.00 0.02 -0.16 -0.14 -0.13 -0.12
#> mu_offset[9,3] -0.27 0.00 0.03 -0.35 -0.29 -0.26 -0.24
#> mu_offset[9,4] -0.22 0.00 0.07 -0.38 -0.26 -0.21 -0.18
#> mu_offset[10,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.05 -0.04 -0.04
#> mu_offset[10,2] -0.13 0.00 0.02 -0.17 -0.14 -0.13 -0.12
#> mu_offset[10,3] -0.28 0.00 0.03 -0.35 -0.29 -0.27 -0.25
#> mu_offset[10,4] -0.22 0.00 0.07 -0.38 -0.26 -0.21 -0.18
#> mu_offset[11,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.05 -0.04 -0.04
#> mu_offset[11,2] -0.13 0.00 0.02 -0.17 -0.14 -0.13 -0.12
#> mu_offset[11,3] -0.28 0.00 0.03 -0.36 -0.30 -0.28 -0.26
#> mu_offset[11,4] -0.23 0.00 0.07 -0.38 -0.26 -0.21 -0.18
#> mu_offset[12,1] -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.05 -0.04 -0.04
#> mu_offset[12,2] -0.13 0.00 0.02 -0.17 -0.14 -0.13 -0.12
#> mu_offset[12,3] -0.29 0.00 0.03 -0.37 -0.31 -0.29 -0.27
#> mu_offset[12,4] -0.23 0.00 0.07 -0.38 -0.26 -0.22 -0.18
#> mu_offset[13,1] -0.05 0.00 0.00 -0.05 -0.05 -0.05 -0.04
#> mu_offset[13,2] -0.13 0.00 0.02 -0.17 -0.14 -0.13 -0.12
#> mu_offset[13,3] -0.30 0.00 0.03 -0.38 -0.32 -0.29 -0.27
#> mu_offset[13,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.26 -0.22 -0.18
#> mu_offset[14,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.04
#> mu_offset[14,2] -0.14 0.00 0.02 -0.17 -0.15 -0.14 -0.12
#> mu_offset[14,3] -0.30 0.00 0.04 -0.39 -0.32 -0.30 -0.28
#> mu_offset[14,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.26 -0.22 -0.18
#> mu_offset[15,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.04
#> mu_offset[15,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.15 -0.14 -0.13
#> mu_offset[15,3] -0.31 0.00 0.04 -0.39 -0.33 -0.31 -0.29
#> mu_offset[15,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.26 -0.22 -0.18
#> mu_offset[16,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.04
#> mu_offset[16,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.15 -0.14 -0.13
#> mu_offset[16,3] -0.32 0.00 0.04 -0.40 -0.34 -0.31 -0.29
#> mu_offset[16,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.26 -0.22 -0.18
#> mu_offset[17,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.04
#> mu_offset[17,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.15 -0.14 -0.13
#> mu_offset[17,3] -0.32 0.00 0.04 -0.41 -0.34 -0.32 -0.30
#> mu_offset[17,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.26 -0.22 -0.18
#> mu_offset[18,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.04
#> mu_offset[18,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.15 -0.14 -0.13
#> mu_offset[18,3] -0.33 0.00 0.04 -0.41 -0.35 -0.32 -0.30
#> mu_offset[18,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[19,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[19,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.15 -0.14 -0.13
#> mu_offset[19,3] -0.33 0.00 0.04 -0.42 -0.35 -0.33 -0.31
#> mu_offset[19,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[20,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[20,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.15 -0.14 -0.13
#> mu_offset[20,3] -0.34 0.00 0.04 -0.43 -0.36 -0.33 -0.31
#> mu_offset[20,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[21,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[21,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.16 -0.14 -0.13
#> mu_offset[21,3] -0.34 0.00 0.04 -0.43 -0.36 -0.34 -0.32
#> mu_offset[21,4] -0.23 0.00 0.07 -0.40 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[22,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[22,2] -0.15 0.00 0.02 -0.18 -0.16 -0.14 -0.13
#> mu_offset[22,3] -0.34 0.00 0.04 -0.43 -0.37 -0.34 -0.32
#> mu_offset[22,4] -0.23 0.00 0.07 -0.40 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[23,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[23,2] -0.15 0.00 0.02 -0.18 -0.16 -0.14 -0.13
#> mu_offset[23,3] -0.35 0.00 0.04 -0.43 -0.37 -0.34 -0.32
#> mu_offset[23,4] -0.23 0.00 0.07 -0.40 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[24,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[24,2] -0.15 0.00 0.02 -0.19 -0.16 -0.14 -0.13
#> mu_offset[24,3] -0.35 0.00 0.04 -0.43 -0.37 -0.34 -0.32
#> mu_offset[24,4] -0.23 0.00 0.07 -0.40 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[25,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[25,2] -0.15 0.00 0.02 -0.19 -0.16 -0.14 -0.13
#> mu_offset[25,3] -0.35 0.00 0.04 -0.43 -0.37 -0.34 -0.32
#> mu_offset[25,4] -0.23 0.00 0.07 -0.40 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[26,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[26,2] -0.15 0.00 0.02 -0.18 -0.16 -0.14 -0.13
#> mu_offset[26,3] -0.35 0.00 0.04 -0.43 -0.37 -0.34 -0.32
#> mu_offset[26,4] -0.23 0.00 0.07 -0.40 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[27,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[27,2] -0.15 0.00 0.02 -0.18 -0.16 -0.14 -0.13
#> mu_offset[27,3] -0.34 0.00 0.04 -0.43 -0.36 -0.34 -0.32
#> mu_offset[27,4] -0.23 0.00 0.07 -0.40 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[28,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[28,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.16 -0.14 -0.13
#> mu_offset[28,3] -0.34 0.00 0.04 -0.42 -0.36 -0.33 -0.31
#> mu_offset[28,4] -0.23 0.00 0.07 -0.40 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[29,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05
#> mu_offset[29,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.15 -0.14 -0.13
#> mu_offset[29,3] -0.33 0.00 0.04 -0.42 -0.35 -0.33 -0.31
#> mu_offset[29,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.27 -0.22 -0.19
#> mu_offset[30,1] -0.05 0.00 0.00 -0.06 -0.05 -0.05 -0.04
#> mu_offset[30,2] -0.14 0.00 0.02 -0.18 -0.15 -0.14 -0.13
#> mu_offset[30,3] -0.32 0.00 0.04 -0.41 -0.34 -0.32 -0.30
#> mu_offset[30,4] -0.23 0.00 0.07 -0.39 -0.26 -0.22 -0.18
#> lp__ -78912.59 0.32 5.44 -78924.32 -78915.94 -78912.12 -78908.83
#> 97.5% n_eff Rhat
#> beta_bs[1] -1.58 1426 1.00
#> beta_bs[2] -1.74 964 1.00
#> beta_bs[3] -2.27 972 1.00
#> beta_bs[4] -2.90 862 1.00
#> beta_bs[5] -2.38 1483 1.00
#> sigma_layer[1] 1.48 539 1.00
#> sigma_layer[2] 1.22 255 1.01
#> lambda_raw[1] 1.09 1536 1.00
#> lambda_raw[2] 1.06 941 1.00
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#> mu_offset[30,3] -0.26 960 1.00
#> mu_offset[30,4] -0.14 577 1.01
#> lp__ -78903.07 286 1.01
#>
#> Samples were drawn using NUTS(diag_e) at Wed Nov 4 17:28:26 2026.
#> For each parameter, n_eff is a crude measure of effective sample size,
#> and Rhat is the potential scale reduction factor on split chains (at
#> convergence, Rhat=1).